La primera referencia escrita a Balanegra data del siglo XVI, y su territorio fue inicialmente anexado a Berja, en compensación de unos movimientos territoriales que fueron perjudiciales al separarse de Adra.
Siglos XVIII y XIX
Actualidad
En 2015 Balanegra se independizó de Berja, convirtiéndose en el pueblo más reciente de la provincia de Almería.