Los primeros vestigios encontrados parecen indicar que la zona estuvo habitada durante el periodo prehistórico, según los hallazgos arqueológicos en los yacmientos de Guainos Altos o La Parra, que se datan sobre el 5000 a.C.
También se han encontrado restos de la cultura argárica, datados sobre el 2500 a.C.
En 1520 a.C los fenicios fundaron Abdera, que fue un importante centro comercial marítimo durante los siglos VIII y VII a. C., entrando en decadencia hacia el siglo VI a. C.
A partir del siglo IV a. C. la colonia fenicia pasa a ser controlada por los cartagineses y a finales del siglo II a. C. tras la derrota de estos, pasa a control del Imperio romano, en la provincia romana de la Hispania Ulterior.
Abdera fue en época romana puerto de salida de minerales de las sierras próximas de Gádor, maderas y salazones de pescado, entre ellas el garum, pasta licuada, procedente de los restos de carnes y vísceras de pescados y mariscos, muy apreciada en tiempos de la dominación romana. El garum obtenido en Abdera, así como sus salazones, eran muy apreciados en todo el Imperio.
Debido a esta intensa actividad comercial, incluso dispuso de su propia ceca donde se acuñaba moneda.
Según las crónicas de Estrabón, habla del puerto de Abdera y de la existencia de otra ciudad llamada Odisea, no en el lugar de la actual sino en la montaña, visible desde el mar y que exhibía un santuario dedicado a Atenea. No existe constancia de este santuario ni se han encontrado restos arqueológicos similares.
Tras una decadencia poblacional entre los años 23 a. C. y 25 d.C., se produce un momento de gran esplendor para la ciudad en torno al 175 y 225 d. C. A partir del general:cronologia_historica#siglo_iii_200_-_299|siglo III]], y coincidiendo con la crisis del Imperio romano, la ciudad entra en un período de paulatina decadencia que dura hasta el siglo VI d. C., en el que la ciudad casi ha menguado su actividad económica sustancialmente.
En el 552, Adra queda bajo el dominio bizantino como puerto de entrada de la calzada que sube a Granada (Iliberis). Para su defensa, construyen un castillejo en los alcores de la Pedriza.
La islamización del municipio no tendrá lugar hasta el Siglo IX d. C., remodelándose su población urbana en el interior, concretamente en torno a la barriada actual de La Alquería.
La población pasa a manos cristianas en 1489, tras la rendición de las principales ciudades de la provincia (Almería, Fiñana y las Alpujarras).
Debido a su clima suave, en el Siglo XVI comienza la explotación de la caña de azúcar importada de América. Industria que se mantendrá hasta mediados del Siglo XX.
Existe una leyenda sobre el último dirigente nazarí de Granada, Boabdil el Chico, que afirma que éste abandonó la península ibérica desde el puerto de Adra en 1492, camino del norte de África, tras abandonar Granada huyendo de los Reyes Católicos. La leyenda afirma que una vez en el mar, el príncipe volvió la mirada en dirección a Adra y lanzó su espada al mar prometiendo que algún día volvería a por ella. Años después, elegiría nuevamente la ciudad de Adra como puerta de entrada para intentar una nueva reconquista frustrada de la península.
Adra fue puerto base de las tropas castellanas que acabaron con la rebelión de los moriscos en Las Alpujarras.
Durante el Siglo XVI y XVII se producen constantes ataques a las poblaciones costeras de Almería por parte de los piratas berberiscos y turcos. Con el fin de proteger y estar alerta ante estos ataques, se amuralla la ciudad y se construyen una serie de torres vigías por toda la costa.
Adra comenzó a resurgir en el Siglo XIX con la industrialización —fue pionera a nivel nacional poseyendo la primera máquina de vapor operativa en España–, y con la construcción de fábricas de azúcar y fundición de plomo e industrias conserveras, impulsada por una incipiente burguesía local. A raíz de dicha industria, se impulsó la construcción de infraestructuras necesarias, como el puerto.
En 1833, debido a la reconfiguración de las provincias, Adra pasó a formar parte de la provincia de Almería.
El Siglo XX, la industria abderitana es desmantelada por no ser rentable y el agotamiento de los recursos naturales.
Durante la guerra civil, Adra fue bombardeada al paso de la “Desbandá”, ciudadanos que huían desde Málaga por la costa de las tropas nacionales.
En la actualidad, Adra cuenta con aproximadamente 25000 habitantes. La actividad económica principal del municipio es la agricultura intensiva y la pesca.