Situada en la pedanía de Lucainena, la nave original fue construida en 1501, seguramente sobre los cimientos de la mezquita mayor.
En 1565 se proyecta la construcción de una nueva iglesia, debido al mal estado de la construcción original.
En 1579 la iglesia es quemada tras la rebelión de los moriscos, y se encuentra en estado ruinoso. Debido a la ausencia de templo, la eucaristía se celebraba en un aposento de una casa particular.
En 1671 se proyecta la construcción de una nueva iglesia para los 16 vecinos de Lucainena. Como dato peculiar, se construyó tras el altar mayor un nicho donde descansaban las reliquias del niño Gonzalo Valcázar, vecino de Mairena, que a la edad de diez años fue martirizado por los moriscos.
En 1770 la población de Lucainena aumentó a 66 vecinos, por lo que hubo que ampliar la actual construcción.
El efecto de varios temporales afectan al edificio, que en 1859 se encontraba en estado de ruina, por lo que nuevamente se acomete una nueva reconstrucción en 1862.
Su última reconstrucción data de 1945. Debido a las numerosas reconstrucciones llevadas a cabo en el templo, se han ido reaprovechando construcciones previas.