Nació en Cádiz el 9 de agosto de 1734 en el seno de una familia de ingenieros, siendo nieto de Bartolomé Amphoux Party y hijo de Juan Bautista Amphoux Durand.
Ingresó como ingeniero voluntario en 1749, trabajando en las fortificaciones de Cádiz. En 1752 fue admitido en el Cuerpo de Ingenieros como delineador y en 1756 ascendió a ingeniero extraordinario con grado de teniente. Participó en obras de fortificación, edificios a prueba de bombas y proyectos hidráulicos.
Durante la Guerra de los Siete Años (1762) tomó parte en la campaña de Portugal, construyendo plazas fuertes y participando en la sorpresa de Olivenza. Fue recompensado con el grado de capitán de Infantería (1763).
En 1767 fue destinado a la Guayana como comandante de Ingenieros, elaborando planos de la isla Margarita y proyectos en Puerto Cabello y Cumaná. Construyó el fuerte *Mirador de Solano* y proyectó el fuerte de San Carlos Borromeo en Pampatar. En 1771 dibujó el plano de la catedral de Guayana, considerado superior por Ventura Rodríguez.
De regreso a la Península, fue destinado a Guipúzcoa y Castilla la Vieja (1772). En 1775 participó en la expedición de Argel, resultando herido. Posteriormente fue ingeniero comandante de León y Castilla (1777), elaborando proyectos de caminos y cuarteles.
En 1782 participó en el sitio de Gibraltar y en 1786 fue promovido a coronel e ingeniero en jefe, siendo destinado a la costa de Granada. En 1787 fue nombrado gobernador militar y político de la plaza de Almería y costa del reino de Granada, además de subdelegado de Rentas Reales y presidente de la Real Junta de Sanidad. En Almería impulsó obras públicas como el matadero municipal, la reedificación de las casas consistoriales, la mejora de la cárcel y el reparo de las murallas.
En 1798 fue promovido a brigadier del Ejército. Se retiró en 1804, conservando el cargo de gobernador de Almería. Durante la Guerra de la Independencia se negó a jurar fidelidad a los invasores. En sus últimos años sufrió penurias económicas, siendo auxiliado por Real Orden en 1818.
Falleció en Almería el 16 de noviembre de 1819, a los 85 años.
Su carrera como ingeniero y militar lo convirtió en una figura destacada del siglo XVIII y principios del XIX:
* Brigadier del Ejército (1798).
Bartolomé Amphoux Bonavia dejó una huella duradera en la ingeniería militar y en la ciudad de Almería. Sus proyectos de fortificación en América y España, así como sus obras públicas en Almería, reflejan su capacidad técnica y su compromiso con el servicio público.