Los vestigios neolíticos encontrados en el Peñón de la Reina y el Peñón del Moro indican que la zona fue habitada desde el siglo VI a. C. También se han encontrado restos cerámicos pertenecientes a la cultura tartesia y fenicia.
Durante la época romana, la población pasó a llamarse Taracín. No hay constancia de infraestructuras romanas en la población, únicamente se han encontrado algunas monedas y restos cerámicos.
En la Edad Media será una de las primeras alquerías que fundaron los musulmanes en el siglo VIII, instalándose soldados yemeníes de la tribu de Quda.
en el siglo XI cuando aparece la primera cita escrita de Alboloduy, dada por el famoso geógrafo Muhammad al-Idrisi.
En torno a la primera mitad del siglo XIII, al formarse el Reino de Granada, se crea la taha de Boloduy. La taha se trata de la unidad administrativa en la que los soberanos nazaríes dividieron todo el territorio alpujarreño. Esta taha de Boloduy incluía los municipios actuales de Santa Cruz de Marchena y Alboloduy.
La base económica de la población era la agricultura y el manufactura de la seda.
Tras las Capitulaciones de Almería en 1489, los Reyes Católicos concedieron la taha de Boloduy a Boabdil. En 1504 la taha es concedida a don Sancho de Castilla y Enríquez, señor de Gor, como recompensa por la ayuda prestada en la Reconquista. Sus herederos posteriormente unen las tahas de Marchena y Alboloduy, creando el Estado de Marchena. La capital de este nuevo territorio es Santa Cruz de Marchena, relegando a Alboloduy a la denominación de lugar.
Tras la expulsión de los moriscos en 1570, la población queda prácticamente despoblada, con lo que en 1577 se acomete la repoblación de la región con 51 cristianos viejos se instalan en la villa procedente de Andalucía Occidental, Extremadura y Levante. En estos apeos aparece por primera vez la denominación actual de Alboloduy.
La economía sustentada por la producción de seda, de las almazaras y los molinos de harina.
El siglo XIX irrumpe con un declive económico, siendo lo más significativo la abolición de los señoríos y la desamortización, hechos que producen la descomposición del Estado de Marchena. De esta forma, cada término municipal adquiere independencia y autonomía, nombrándose un alcalde y un regidor en el pueblo.
Gracias al monocultivo de la uva de Ohanes, la zona adquiere un aumento importante de población y recuperación económica, censándose en 1857 2.490 habitantes.
En 1863, Isabel II crea el marquesado de Alboloduy, concediéndoselo a doña María Elvira Fernández de Córdoba Bohórquez, nieta del duque de Gor.
A comienzos del siglo XX la población de Alboloduy sigue creciendo, en 1910 su máximo censal de esta época, al contabilizarse 2.280 habitantes.
Tras el declive del cultivo de la uva, las fuertes sequías, la emigración y las tensiones sociales producidas por la guerra Civil, Alboloduy sufre un rápido descenso en su población, el cual continua hasta nuestros días. En la actualidad cuenta con 616 habitantes censados.
En los últimos años se está llevando a cabo una intensa labor desde las instituciones para intentar revertir el proceso de despoblación. Alboloduy se ha constituido como uno de los pueblos más activos en la promoción. Se han promovido diversas iniciativas como la promoción del camino mozárabe, el turismo rural, y la promoción de su oferta cultural y gastronómica.