No existen restos arqueológicos en la zona que indiquen un asentamiento permanente Debido a su riqueza forestal y la abundancia de agua, es de suponer que se trataba de lugar de paso de tribus nómadas en busca de caza.
No hay vestigios del paso de los romanos por la población. Debido a la dificultad del terreno, esta zona estaba alejada de las principales rutas comerciales del imperio romano.
No puede hablarse de un asentamiento propiamente dicho, sino más bien de una serie de pequeños núcleos de población dispersos, dedicados a la agricultura de subsistencia y a la ganadería.
Testimonio del paso de los árabes por Alcóntar es la torre el Ramil, construida durante la época nazarí.
La primera referencia sobre Alcóntar data del siglo XVI, cuando los caballeros de Don Juan de Austria llegaron a la zona. Dicha presencia que ha quedado reflejada en un poema de tradición oral, que narra la toma del pueblo:
Caballeros de la historia, jinetes de las mesnadas que lavaron sus heridas en las cristalinas aguas de estos barrancos agrestes con puñales de pizarra. Vinieron al río Almanzora, haciendo historia de España los caballeros del Rey, a caballo y con armas, según las crónicas cantan, atravesando estas tierras con banderas de esperanza. ¡Toda la plana mayor del General Don Juan de Austria!. Antes lo hicieron los Reyes Fernando e Isabel la Santa, luchando por conseguir toda la unidad de España.
Durante el siglo XIX, la zona experimenta un incremento de población, con lo que se procede a la construcción de infraestructuras necesarias - iglesias, estación de ferrocarril…
Alcóntar se constituyó como municipio independiente en 1888, escindiéndose de Serón.
Durante la década de 1960, la población sufrió una importante despoblación, debido a lo cual muchas de sus pedanías aledañas quedaron prácticamente despobladas.
Su situación, tan cerca del nacimiento del río Almanzora, le proporciona una fuente de riqueza acuífera. La economía actual se centra en los sectores agrícola, ganadero, forestal y la industria cárnica. Debido a su belleza paisajística de sus parajes, se está potenciando el turismo rural y las rutas de senderismo por la zona. Actualmente cuenta con una población censada de 577 habitantes.