No se han encontrado yacimientos arqueológicos que indiquen una población permanentemente asentada en la zona.
Se han encontrado vestigios romanos en el Castillo Pago de los Nietos. Seguramente debido a la situación estratégica de la zona en la confluencia de ambos ríos, hubo algún tipo de destacamento militar.
La primera mención corresponde al siglo XII, cuando Idrisi menciona el lago que se formaba en la confluencia de los ríos Andarax y Nacimiento, en la comarca llamada Urs al-Yaman, denominada así en el siglo IX tras la expansión musulmana. En dicha zona había una alquería.
Gracias a los sedimientos fluviales, la la zona era rica en tierra arcillosa, lo que contribuyó a un incipiente auge de su industria alfarera.
Inicialmente no tuvo una población fija, sino que era un lugar de reunión periódica donde se celebraban ferias de ganado y alfarería. Es por ello que la planificación urbanística inicial del pueblo fuese bastante caótica y desordenada.
Durante este tiempo, la agricultura (principalmente olivo y cultivos de secano) y la alfarería son las actividades principales de la población.
A partir del siglo XIII, al crearse el reino de Granada, Alhabia formará parte de la taha de Marchena, junto con los pueblos colindantes, sumando un total de diez lugares.
La zona tuvo varias denominaciones, como Hayva, Aljaiba, Aljabia, Aljabiati.
Tras la rendición de Baza y las Capitulaciones de Almería en 1489, se instaura un nuevo poder político y religioso, con construcciones de nuevo cuño que cambiarán la fisonomía de la antigua alquería musulmana, dándole un perfil urbanístico más acorde con los estándares castellanos.
La taha de Marchena fue dada en recompensa a don Gutierrez de Cárdenas y Chacón en 1494, por la ayuda prestada a los Reyes Católicos durante la Reconquista.
Alhabia inicia el siglo XVI formando parte del señorío de los Cárdenas, posteriormente duques de Maqueda. Este siglo se va a caracterizar por una inestabilidad económica y demográfica como consecuencia de la rebelión de los moriscos y su definitiva expulsión en 1570, situación que se estabilizará en el siglo XVIII.
El siglo XVII está marcado por una epidemia de cólera en la zona. Los habitantes se encomiendan a la virgen de la Visitación, dando lugar al origen de la fiesta del Voto.
El siglo XIX irrumpe con el liberalismo, siendo lo más significativo para Alhabia el nuevo régimen de independencia que se concedía a su municipio, consecuentemente a la abolición del señorío de Maqueda y Arcos en 1835.
Desde principios de siglo habrá un importante auge económico y demográfico, reflejado en la arquitectura neoclásica y ecléctica que se realiza en ese momento, como la iglesia parroquial o la casa de la Mezquita.
Como núcleo de población importante, adicionalmente contaba con otros servicios como la farmacia de Alhabia, de gran reputación en la zona. También se mejoraron las comunicaciones, con la construcción de la carretera del Ricaveral.
En el inicio del siglo XX aún se mantiene el crecimiento demográfico y económico debido al cultivo de la uva de Ohanes. Tras el declive de este cultivo y el estallido de la guerra civil, Alhabia entra en un declive demográfico, una gran parte de la población emigra a otros lugares.
La agricultura sigue siendo el principal motor económico de la población. Los habitantes de Alhabia son conocidos como bolilleros, apodo que proviene de la tarea del desgranado del panizo, labor para la que se utilizaba un bolillo.
En la actualidad, cuenta en torno a 650 habitantes. Su principal industria sigue siendo la agricultura y la cerámica, tanto artesanal como dedicada a la construcción.
Cuenta con varias asociaciones culturales, como la banda de música, la asociación de encaje de bolillos o el grupo de teatro.