La zona de Alhama de Almería ha sido habitada desde el 4000 a.C. aproximadamente. Se han encontrado numerosas tumbas megalíticas en las lomas de Galera y Huéchar, similares a las utilizadas en la cultura de los Millares. Es en esta época cuando se introduce el cultivo de la vid y el olivo en la zona.
Los romanos se asentaron en esta comarca, principalmente por su importancia minera. Vestigios del paso de los romanos es el hallazgo de la Dama de Alhama, y diversas obras hidraúlicas, poniendo de relieve la importancia del agua. Se supone que se construyeron unas termas, correspondientes al siglo II.
Existe la teoría de que por Alhama de Almería pasaba una antigua calzada romana entre Acci (Guadix) y Urci (el Chuche). La puente estaría construido sobre los restos del original puente romano.
Con la llegada de los musulmanes, las infraestructuras hidraúlicas se mejoran. Alhama de Almería pasa a formar parte de la taha de Marchena.
El nombre de Alhama viene del árabe “alhamman” que se traduce por “agua sagrada”.
El geógrafo árabe Al-Idrisi relata en sus crónicas datos interesantes sobre la vida en Alhama de Almería en el siglo XII.
A seis millas de Pechina está Alhama, fortaleza situada en lo alto del cerro. Los viajeros de lejanos países relatan que no existe en el mundo otra que sea más sólida ni otro lugar cuyas aguas termales manen a tan cálidas. Desde todos los puntos cardinales acuden ahí enfermos que permanecen allí hasta verse aliviados de sus dolencias o completamente curados. Los habitantes de Almería venían antes a reposar con sus mujeres e hijos. Empleaban allí grandes sumas en comer, beber y otros placeres y el alquiler de una habitación podía alcanzar los 3 dinares almorávides al mes. Los cerros que rodean Alhama son muy ricos en yeso; esa sustancia se extrae, se quema y se transporta hasta Almería para ser utilizada en el ensamblaje de las piedras de los edificios y para enyesarlos. Su abundancia hace que resulte muy económica
La cría de gusanos de seda y su manufactura era también una importante fuente de riqueza en la zona.
Tras la conquista de Almería por los Reyes Católicos, el gobierno de Alhama de Almería pasa a manos de Gutierre de Cárdenas en 1494, formando parte del señorío feudal durante los 3 siglos siguientes.
En 1522, un fuerte terremoto provocó el hundimiento y la pérdida de la fuente de aguas termales. Como consecuencia, el pueblo pasó a ser conocido como Alhama la Seca, apelativo que se mantuvo hasta el siglo XIX.
En 1573, tras la expulsión de los moriscos, se procede al repartimiento de sus posesiones y el repoblamiento de la zona, en su mayoría de cristianos provenientes del Reino de Valencia, la Alcarria y la Mancha. En el libro de apeo aparece la primera mención escrita de la población como Alhama, así como la mención a la existencia de unos baños.
Debido a la falta de agua, la población es prácticamente deshabitada por sus nuevos pobladores, que se niegan a establecerse allí.
En 1594 se volvió a encontrar el cauce de las aguas subterráneas en una mina cercana, por lo que se comenzaron los trabajos para volver a encauzarlas y construir balsas para su almacenaje.
Como consecuencia de ser la única población de la zona con un curso permanente de aguas termales, fomentó la construcción de la casa-lavadero de lanas, convirtiéndose en un importante centro ganadero en la comarca.
Otras industrias basadas en el agua también se asentaron en la zona, como un molino harinero.
En el siglo XVIII, debido al incremento de las zonas cultivables, el agua es un bien muy preciado. En 1756 el cabildo ordena la compra de un reloj para la iglesia, con el fin de poder controlar el tiempo que cada propietario hace uso de su turno de riego.
La minería también sufrió un fuerte auge en este siglo, con la explotación del plomo, lo que hizo posible la aparición de una incipiente pequeña burguesía.
Debido a la inestabilidad política causada por la ocupación francesa y la proliferación de grupos armados de guerrilleros favoreció el bandolerismo y el contrabando de tejidos y tabaco en toda la comarca del bajo Andarax.
En 1804 otro terremoto sacude Alhama de Almería, pero en vez de secar la fuente Vieja, produce un incremento en su caudal.
En 1824 se produce la insurrección de los Coloraos, en la que tuvo un papel muy activo el médico de Alhama, Francisco Salmerón López.
En ese mismo año se lleva a cabo el primer estudio sobre las propiedades medicinales de las aguas del manantial.
En Entre 1944 y 1848, se llevan a cabo nuevos trabajos prospectivos para descubrir nuevos canales subterráneos de aguas. (pozo del Sillero y Fuente Nueva, Fuente del Olivillo). Dado al gran coste de las obras, generalmente se constituyen sociedades para su explotación. Esto produjo grandes disputas en las décadas siguientes, ya la extracción de agua de estas nuevas fuentes provocaba la disminución del caudal de la Fuente Vieja.
En 1874 se constituye la sociedad de Baños de San Nicolás, formada por la burguesía de Alhama de Almería para la explotación de las aguas termales.
En 1880, se cambia oficialmente el nombre de Alhama la Seca por Alhama de Almería.
A finales del siglo XIX y principios del XX, se produce un gran aumento del área cultivable de las parras. Pero con la paulatina disminución del caudal de aguas subterráneas, añadido a varios años de sequía y el declive del mercado de la uva de mesa, hizo que el cultivo prácticamente desapareciese. La minería y el esparto son los otros motores económicos de la población, aunque la recesión de la minería sufrida en los primeros años del general/cronologia_historica#siglo_xx_1900_-_1999|siglo XX]] causó que muchos alhameños emigrasen, principalmente a los Estados Unidos, estableciéndose una pequeña colonia en Nueva York.
Durante la II República, la denominación del municipio se cambia a “Alhama de Salmerón”, en honor a Nicolás Salmerón, aunque tras la victoria franquista se vuelve al nombre original.
Durante la guerra civil se produjo el expolio y conversión de la iglesia en mercado municipal.
Debido a las penurias económicas y el declive de la uva y la minería, se produce una segunda ola migratoria hacia zonas más industrializadas de España y Europa.
El culto religioso se organiza en torno a distintas hermandades, que se encargan de la organización del culto y los festejos el día de su titular. Las hermandades tienen uno o más Mayordomos, que son los encargados del mantenimiento de las distintas ermitas, recogida de limosnas y sufragar las fiestas.
Actualmente Alhama de Almería es una pujante población, dado su cercanía a la capital. Actualmente cuenta con 3600 habitantes aproximadamente. Sus vecinos mantienen un fuerte carácter asociativo, tanto en el plano religioso con numerosas hermandades, como en el plano cultural (bandas de música, asociaciones vecinales…).