Sus orígenes se remontan al siglo XVI, de marcado estilo mudéjar.

Tras el levantamiento de la población morisca en 1569 con la quema de las iglesias, la iglesia de Alhama se encontraba en ruinas.

No fue hasta 1672 cuando el duque de Maqueda, señor de Marchena ordena que se levante y fabrique la iglesia de Alhama. Se trataba de una iglesia pequeña, de unos 186 m², construida probablemente por Juan del Castillo.

En 1747 se firmaron los documentos necesarios para la restauración y amplicación de la iglesia, debido al aumento de la población. La configuración de la iglesia y su imagen exterior se vieron totalmente modificadas, debido a la ampliación de sus proporciones y, especialmente, a la construcción de su magnífica torre de base octogonal que albergaría las campanas.

Durante la época de la ocupación francesa, el templo fue expoliado.

Durante la guerra civil el templo fue convertido en mercado municipal, quemando todas las imágenes y ropas litúrgicas. Afortunadamente el archivo pudo salvarse.

En 1968 el templo fue reformado debido al mal estado del artesonado mudéjar.

En 2005 el templo ha sido reformado nuevamente.

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