Gracias a la presencia de agua en la zona (fuentes de Alhama y Alicún), la agricultura estuvo más desarrollada que en otras zonas más áridas.
Son mencionadas la construcción de unas termas romanas, aprovechando la fuente de Alicún.
Con la llegada de los árabes, las antiguas termas romanas se convierten en un hamman, y se mejoran las infraestructuras hídricas (acequias, canalizaciones) para la explotación agrícola.
En el siglo XII, Al-Idrisi menciona en sus crónicas unas termas sobre un manantial salutífero a continuación de los baños de Alhama llamados al-Hammam Vexitan, que traducen por “Baños Huecijanos”, y que algunos historiadores identifican con la fuente de Alicún.
Tras la conquista por los Reyes Católicos, la taha de Marchena es donada a don Gutierre de Cárdenas. En dicho documento, Alicún se inscribe como un barrio de Huécija.
No es hasta el siglo XVI cuando Alicún se inscribe como municipio independiente en el ducado de Maqueda.
Tras la rebelión de los moriscos en 1570, Alicún queda despoblada y abandonada hasta 1574, cuando fue repoblada con cristianos venidos de otras partes de la península.
En el siglo XVIII, la población sufre un aumento de población y un pequeño auge económico. Hay referencias que indican que en 1796 la hermandad del Santísimo Sacramento ya estaba constituida en la población.
En 1835 Alicún se constituye como municipio de pleno derecho, tras la abolición del señorío de Maqueda y Arcos y su dependencia de Huécija.
En esta época la agricultura del olivo y el trigo era la principal actividad económica. En 1850, Pascual Madoz menciona en su Diccionario Geográfico-Estadístico-Histórico que Alicún cuenta con 2 molinos de aceite y uno harinero.
En 1885 la población se encomendó a San Sebastián y ésta no fue afectada por una epidemia de peste que asoló la provincia. Este fue el origen de las fiestas del voto.
El final del siglo XIX y principios del XX es una época de auge para la población,derivado del cultivo de la uva de Ohanes. Debido a este impulso económico, se acometen varias obras civiles en la población, como la iglesia, los baños públicos o el lavadero.
También se fomentan las actividades culturales. Por ejemplo, 1900 ya se tiene constancia de la existencia de la banda de música Huécija-Alicún.
La población sufre las consecuencias de las penurias tras la guerra civil, y la posterior emigración masiva a otras zonas más industrializadas.
Actualmente la agricultura es el principal motor económico del municipio. Los parrales han sido progresivamente sustituidos por el cultivo de cítricos, árboles frutales y hortalizas.
Su privilegiada ubicación, en la ladera de la sierra y junto a los valles del Andarax y del río Nacimiento, proporcionan un entorno idílico.
Cuenta en torno a 200 habitantes.